O ano era 1826 e Nicolau Fiengo, um mercador italiano, havia chegado ao Brasil vindo de Marselha carregando antiguidades egípcias escavadas por Giovanni Belzoni, um explorador italiano. Os objetos egípcios foram comprados por Dom Pedro I, o primeiro imperador do Brasil, e doados para o então chamado Museu Real. Graças às descrições feitas no Jornal Astrea e aos primeiros inventários feitos no Museu Real, sabemos que este primeiro lote da coleção tinha quase 300 itens.
Ao longo dos anos, a coleção foi crescendo com mais doações e compras de objetos. Uma das doações mais famosas foi feita em por Quediva Ismail em 1876, quando Dom Pedro II viajou para o Egito, onde recebeu o caixão da sacerdotisa: Sha-Amun-em-su como presente. Com a proclamação da República, o acervo foi transferido para o Palácio da Quinta da Boa Vista, onde passou a operar o Museu Nacional.
Em 02/09/2018, um incêndio de grandes proporções atingiu o palácio da Quinta da Boa Vista, afetando a área de exposição e guarda das coleções. Pouco tempo depois do incêndio, foi formada uma equipe para realizar a escavação de resgate das peças nas ruínas do Palácio. Apesar de perdas significativas, o Resgate recuperou grande parte desta coleção. Atualmente está sendo realizado um inventário para identificação das peças resgatadas, bem como um mapeamento dos danos, a fim de elaborar tratamentos de restauro para as mesmas. Além disso, está sendo elaborado um catálogo com as peças resgatadas no Museu Nacional.